Koç Üniversitesi Vehbi Koç Vakfı tarafından 1993 yılında kurulmuştur. Başlangıçta İstinye yerleşkesinde konumlanan Üniversite yeni kampüsünün inşaatının tamamlanmasından sonra 2000 yılında Rumelifeneri mevkiindeki yerine taşınmıştır.

Koç Üniversitesi Mütevelli Heyeti 2008 yılında Tıp Fakültesi kurulması yönünde karar almış ve Yüksek Öğretim Kurulu 15.01.2009 tarihinde bu kararı onaylamıştır. Bakanlar Kurulunun 13.04.2009 tarihli kararı ile de Koç Üniversitesine bağlı bir Tıp Fakültesi kurulması yasal olarak onaylanmıştır. Bu karar doğrultusunda atanan Kurucu Dekan yönetiminde gerekli tüm hazırlıklar tamamlanmış ve Yüksek Öğretim Kurulunun 08.04.2010 tarihli kararıyla fakültenin öğrenci alma ve eğitime başlamasına izin verilmiştir. Bu dönemde fakültenin eğitim ve araştırma laboratuvarları, öğretim üyesi ofisleri ve destek bölümlerinin inşaatı da tamamlanmış, ders programlarını yürütecek 1. ve 2. yıl öğretim elemanları ile sözleşmeler yapılmış, laboratuvar altyapıları ve donanımları tamamlanmıştır. Fakülteye 2010 yılında ÖSYM aracılığıyla 20’si tam, 20’si yarım burslu statüde 40 öğrenci alınarak eğitime başlanmıştır. Bu dönemde Topkapı mevkiinde inşa edilecek Koç Üniversitesi Sağlık Bilimleri Kampüsü için gereken arazi Vehbi Koç Vakfı tarafından temin edilerek Üniversiteye devredilmiştir. Bu arazi üzerinde inşa edilecek binalar için açılan uluslararası yarışmayı, ABD kökenli firma kazanmış ve tasarlanan proje onaylanarak 2011 yılında inşaata başlanmıştır. Üniversite Hastanesi, Tıp Fakültesi ve Hemşirelik Fakültesi eğitim ve araştırma alanları, öğrenci yurtları ve sosyal üniteler içeren projenin ilk bölümünün 2014 Eylül ayında hizmete girmesiyle tıp öğrencileri klinik eğitimlerine bu yeni mekanda başlamışlardır. 348 hasta yatağı, 13 ameliyathane ile tam teşekküllü modern bir eğitim ve araştırma kurumu olan Koç Üniversitesi Hastanesi 2017 yılında tamamlanan ek binaları ile Onkoloji, Çocuk Hastalıkları, Sinir Bilimleri gibi özelleşmiş tanı ve tedavi merkezlerine de sahip olacaktır.