Tıp eğitiminin ilk 3 yılı Rumelifeneri kampüsünde gerçekleştirilmektedir. 4. Yıldan itibaren başlayan klinik ağırlıklı eğitim ise Koç Üniversitesi Hastanesi’nde verilmektedir. Buna ek olarak öğrencilere Üniversitenin çeşitli laboratuar ve kliniklerinde araştırmalara katılma olanağı sağlanmakta ve teşvik edilmektedir.
Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi hazırlık sınıfı hariç 6 yıllık tıp eğitimi vermektedir. Birinci yıl içinde Üniversite çekirdek eğitim programına ek olarak, tıpla ilgili kurs ve seminerlere yer verilmekte olup, ikinci ve üçüncü yıllardan itibaren bütünleşmiş bir programla temel tıp dersleri ve giderek artan oranda klinik tıbba hazırlık ve temel-klinik köprü konuları sunulmaktadır. Dördüncü ve beşinci yıllarda öğrencilerimiz uygulamalı staj eğitimiyle hastalıkların tanı ve tedavisi üzerinde çalışmaktadırlar. Altıncı yılda ise hastanede mezuniyet-öncesi intörn olarak, gözetim altında, hastaların bakımında görev ve sorumluluk alarak, eğitimlerini tamamlamaktadırlar.